850k甲基化芯片多少钱,DNA甲基化检测技术的优劣势分析与抉择

450k甲基化基础(一)

探针是以甲基化位点为单位的，每个探针对应检测一个甲基化位点。为了能够区分甲基化位点和非甲基化位点，在450K 和 850K中，有两种类型的探针，分别叫做I 型探针和 II 型探针 对于human 来说，目前主流的DNA甲基化芯片有450K 和 850K 两种，都是illumina 公司研发的。

DNA甲基化检测技术的优劣势分析与抉择

1、DNA甲基化检测技术的选择主要取决于研究需求和预算。以下是几种主要方法的优劣势分析： WGBS（全基因组亚硫酸盐后测序）：作为金标准，WGBS提供全基因组2800万甲基化位点的高分辨率检测，平均深度30X，但成本高、数据分析复杂，且适用于样本量较小的项目。单个样本数据量庞大，约100G。

甲基化的一些基础知识

1、DNA甲基化，尤其是5-甲基胞嘧啶（5mC），是真核生物中重要的表观遗传修饰。在人类基因组中，甲基化发生在大约30亿碱基中的不到1%，主要集中在启动子等特殊区域。亚硫酸盐处理是甲基化探测的金标准，通过区分甲基化的C和非甲基化的C，用于后续的测序或杂交分析。DNA甲基化检测手段多样，包括甲基化芯片和测序技术。

2、基因组中的甲基化状态分为三种：从头甲基化、保留甲基化和去甲基化。甲基化状态通常在DNA复制过程中稳定下来，影响子代DNA序列。DNA甲基化在发育过程中经历两次全局重编码，从受精卵的去甲基化开始，到胚胎组织的建立阶段，再到胚胎发育的去甲基化过程，最后在出生后，体细胞维持在较高的甲基化率。

3、甲基化位点可随DNA的复制而遗传，因为DNA复制后，甲基化酶可将新合成的未甲基化的位点进行甲基化。DNA的甲基化可引起基因的失活。结构基因含有很多CPG 结构， 2CPG 和2GPC 中两个胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化， 且两个甲基集团在DNA 双链大沟中呈特定三维结构。

4、它是由微生物将无机汞转化为有机汞的过程，这个过程被称为甲基化。甲基汞的生成主要发生在水生生态系统中，特别是那些含有大量有机物质的自然水体。这些有机物质可以作为甲基化微生物的食物来源，而甲基化微生物则可以将无机汞转化为甲基汞。

5、功能特点：甲基供体：是体内通用的甲基供体，参与众多分子的甲基化反应。保护肝脏：在肝脏受损时有助于保护肝脏，与叶酸、维生素B12等一碳单位代谢密切相关。半必需氨基酸：虽然不是必需氨基酸，但转化为半胱氨酸而间接被人体利用。蛋白质合成起始：在蛋白质合成的起始阶段，其ATG密码子扮演起始角色。

6、vigs基因沉默原理是指通过RNA干扰或DNA甲基化等机制来抑制某个特定的基因在细胞中的表达。拓展知识：RNA干扰是vigs基因沉默的重要机制。RNA干扰，简称RNAi，是一种自然的基因沉默机制，通过小分子RNA分子介导的切割过程来特异性地降低目标基因的表达。在vigs基因沉默中，RNA干扰起着重要的作用。